Kościół pod wezwaniem św. Jakuba i św. Mikołaja w Chełmnie tzw. Gimnazjalny, to dawny kościół franciszkański, położony w zachodniej części chełmińskiego starego miasta, w bloku ograniczonym ulicami Biskupią, Franciszkańską, Dominikańską i Klasztorną. Obecnie jest to kościół filialny w parafii Wniebowzięcia NMP.

Kościół został wzniesiony w stylu gotyckim, z cegły. Obecne prezbiterium zbudowano po 1326 na miejscu poprzedniego, korpus zaczęto budować w trzeciej ćwierci XIII w., ukończono w pierwszej ćwierci XIV w. W trzeciej ćwierci XIV w. sklepiono wnętrza.

Prezbiterium jest prostokątne, trójprzęsłowe, sklepione krzyżowo-żebrowo, korpus trójnawowy, trójprzęsłowy w układzie pseudobazylikowym o wąskich nawach bocznych, ze sklepieniami gwiaździstymi (w nawie głównej ośmio-, w bocznych czteroramiennymi). Przy zetknięciu prezbiterium z korpusem, od południa przylega do kościoła smukła wieża, do wysokości korony murów kościoła czworoboczna, wyżej ośmioboczna. Od północy do kościoła przylegały niezachowane zabudowania klasztorne.

W 1806 nastąpiła kasata klasztoru. Bogate niegdyś wyposażenie wnętrza zostało przeniesione do innych kościołów (m.in. do Kijewa i Lisewa), rozebrano budynki klasztorne i zburzono barokową kaplicę z 1751 r. W latach 1822-1828, kościół był przejściowo pod opieką Sióstr Miłosierdzia, które następnie przeniosły się do dawnego zespołu klasztornego pobenedyktyńskiego. Po 1859, gdy świątynia zaczęła pełnić funkcję kościoła gimnazjalnego, wykonano prace restauracyjne (nowa polichromia wnętrza), a ok. 1870 r. powstało zachowane do dziś wyposażenie wnętrza o cechach neogotyckich (chór muzyczny, konfesjonały, ambona, ołtarz). We wschodnim oknie prezbiterium znajduje się neogotycki witraż, ufundowany w 1867 r. przez Wojciecha Łążyńskiego, dyrektora gimnazjum.